Die Fleischtomaten mit kochendem Wasser überbrühen, häuten und grob hacken. Die Zwiebel schälen und fein würfeln.
Das Olivenöl in einer Pfanne erhitzen und die Zwiebelwürfel ca. 2 Min. dünsten. Die Tomaten hinzufügen. Den Knoblauch schälen, zerstoßen und ebenfalls hinzufügen. Das Ganze mit Thymian, Salz und Pfeffer würzen und bei schwacher Hitze ca. 5 Min. kochen.
Kürbisfleisch in etwa 1 cm große Würfel schneiden und unter die Timaten mischen und ca. 10 Min. mitgaren lassen.
Backofen auf 220 °C vorheizen. Parmesankäse unter das Gemüse mischen. Eine Gratinform fetten und mit der Gemüse-Mischung  füllen. Die Oberfläche mit dünnen Mozzarella-Scheiben belegen und das Ganz ca. 20 Min. überbacken.